
我有一个 8,854 * 8,854 大小的相关矩阵。这些是矩阵中的 Pearson 相关系数值。我想执行分层聚类并创建像我所附的那样分辨率好的图像。一步一步的解释将是一个很大的帮助。



我有一个 8,854 * 8,854 大小的相关矩阵。这些是矩阵中的 Pearson 相关系数值。我想执行分层聚类并创建像我所附的那样分辨率好的图像。一步一步的解释将是一个很大的帮助。


要应用大多数层次聚类/热图工具,您需要将相关矩阵转换为距离矩阵(即 0 表示靠近,较高表示距离较远)。这篇博文介绍了一些使用 R 代码的简单方法。
然而,一种计算效率更高的方法是将相关矩阵转换为图,应用截止以使其稀疏并应用图分割方法。我和一位同事实际上有一个项目,Inspectra,它使用光谱图分析来比较从相关矩阵派生的图。我们正在为癌症数据开发它,它仍然是一个原型,但去年在 biovis 上获得了最佳海报,欢迎您尝试它,如果您有任何问题,请通过 github 联系我们。