我有一个生态实验，我需要分析鸟类数量数据。这是设置：
2 个处理（开放/对照），3 个区域。不是一个完整的 3x2 因子，因为在 2 个区域中有 3 个地块（250m x 250m）用于开放和控制（6 个地块）。对于“参考”区域，只有 3 个地块（更类似于上游区域的开放地块）。
在 4 年内，每周对每个小区的鸟类进行计数（可以认为是独立的）。鸟类类型和密度高度依赖于水深（每个调查日期都有深度）——想用作协变量（注意：响应不是线性的，它是单峰的，并且因物种而异）。
目标是检查鸟类类型数量的处理与对照差异，并检查区域和年份的差异/相互作用（随着开放地块的成熟和植被的生长）。封闭图包含许多零（我可能需要零膨胀模型）。
文献将我指向负二项式或零膨胀泊松 GLM。但是，如果我选择这样做，我有以下问题：
- 对于这种类型的模型，我可以在区域内嵌套图吗？我希望复制单位是每个处理的周，而不牺牲每个处理 x 区域图的复制。
- 另外，关于如何处理像深度这样的协变量有什么建议吗？它真的可以主导 GLM 的条款。
我仍在学习 R，但假设基于此论坛并与其他人交谈，我需要在 R 或 SAS 中执行此操作。欢迎在软件方面提供建议，包括我需要加载哪些 R 包。