以下是我的数据分析问题的一般背景:
- 我正在处理非正常的计数数据。
- 在 2 个时间段收集数据。
- 我对治疗之间物种数量的比较感兴趣。
- 有4个疗程。
最初使用 Kruskal-Wallis 秩和检验(非参数方差分析对应物)分析数据。我手稿的一位审稿人建议使用泊松分布。如何使用 R 中的泊松分布执行重复测量方差分析?
以下是我的数据分析问题的一般背景:
最初使用 Kruskal-Wallis 秩和检验(非参数方差分析对应物)分析数据。我手稿的一位审稿人建议使用泊松分布。如何使用 R 中的泊松分布执行重复测量方差分析?
我想我的评论已经变得如此广泛,以至于我应该称它们为答案。
如果这是您想要固定效果的情况,您可以使用 Poisson glm 来完成,就像您可以通过 lm 进行 ANOVA 一样。如果您想要一个混合模型(glmm),您可以使用lme4(例如 function glmer),尽管还有其他合适的包(见下文)。
如果您确实想要一个固定效应模型,例如方差分析,但使用泊松数据(我并不是说这就是您应该做的,只是听起来像您要求的那样),对于您可以从字面上完全使用的因素glm 中的命令与 lm 中的命令相同,但附加参数为family=poisson.
比较:summary(lm(count~spray,data=InsectSprays))
与summary(glm(count~spray,family=poisson,data=InsectSprays))
该anova命令甚至可以用于比较 glms,因为它用于 lms。如果 null 为真且泊松假设成立,则差异的偏差应与指示的 df 呈卡方关系,但即使完全理解 glms 的基本用法也需要一本教科书。
对于执行 glmms 及其功能的包,这里