R中的置换MANOVA和Mahalanobis距离

机器算法验证 r 马诺瓦
2022-03-29 13:05:09

在本文中

安德森,MJ (2001)。一种非参数多元方差分析的新方法南方生态学, 26 , 32–46

我发现非常有用的 MANOVA 方法可以在某种程度上应对非正态性。我想知道将马氏距离作为相似性方法是否可能和合理。事实上,我的问题是关于 R vegan包函数adonis,它实现了这种类型的 MANOVA,但不允许马氏距离作为相似性度量。它允许通过designdist函数创建任何距离度量以在 adonis 中使用,但我完全无法处理这种语法。

有这方面的经验吗?

1个回答

作为 vegan 的开发者之一(虽然不是adonis()功能),我有充分的条件发表评论;不幸的是,adonis()假设vegdist()将用于计算函数中的相异矩阵。更改adonis()不会太难,因此它允许使用任何返回类对象的函数来"dist"代替vegdist()- 实际上这将是微不足道的 - 但我需要知道您打算使用哪个函数来计算马哈拉诺比斯距离,所以我可以编写一个包装函数并adonis()在此处提供修改供您使用。改变adonis()素食主义者的实际功能更加复杂......

与此同时,我将与素食开发者讨论这个问题;vegan 中有几个功能可以从泛化中受益,以允许不同的差异功能,有些已经允许这样做。在包开发的这一点上,我们应该着眼于使各种编写的函数更相似地工作。