我有一种奇怪而复杂的模型设计,我想就如何最好地对错误结构进行建模征求您的意见。
我有 100 个站点,每个站点属于 4 种不同森林类型类别中的 1 个(因此每种森林类型 25 个)。在每个站点中,我有 4 个地块,每个地块都有不同的操作处理。结果是每个地块内的新幼苗数量。我对森林类型、处理方法及其相互作用如何影响幼苗生长感兴趣。
所以,我能想到的最基本的模型是(使用nlme
):
lme(seedling ~ forest.type + treatment +
forest.type*treatment, random=~1|site)
这种似乎是正确的,因为每个站点可能对幼苗数量有一些随机影响。但这似乎也不完全正确,因为治疗嵌套在站点内,随机截距可能因治疗而异。所以我想到的另一个模型是:
lme(seedling ~ forest.type + treatment +
forest.type*treatment, random=~1+treatment|site)
而且,虽然模型适合(尽管lmer
甚至拒绝尝试),但它似乎也不完全正确,因为我没有在站点内复制任何治疗。
我知道所有地块的地理位置,所以我也尝试了一些模型,它们只使用空间相关的误差结构来代替随机效应,但我无法知道处理是否会影响相关性,所以我不知道对这种方法感觉不太舒服。
以上这些模型中的任何一个似乎都合适吗?还是您建议使用不同的模型或不同的方法?