具有多重和交叉随机效应的 GAMM

机器算法验证 造型 随机效应模型 广义加法模型 游戏4
2022-04-09 16:18:50

我是广义加性混合模型(GAMM)的新手,我正在尝试对timeCS与几个预测变量相关的行为响应变量(筑巢鸟在几分钟内为鸡蛋着色所花费的时间)建模:最高温度(maxT),物种(categorical),一年中的日子 ( jdate) 和巢龄 ( ca)。我的数据是基于对几个滨鸟巢穴的反复观察。

我有三个随机效果:nest id ( nest)、location ( rm) 和year. Nest 嵌套在rmand中year同时rmyear被交叉。

由于我有多个随机效应,我计划gamm4在 R 中作为我的软件包来进行 GAMM。到目前为止,我相信使用我的数据运行此分析的正确代码是

 gamm4 <- (timeCS~s(maxT)+ species + s(jdate) + s(ca), 
           random=~(1|year)+(1|rm)+(1|rm:nest)+(1|year:nest), 
           data=Dataset, family=gaussian(link ="identity"))

这个对吗?我应该为我的预测变量指定平滑项吗?我可以在 GAMM 上运行基于 AICc 的模型选择吗?

1个回答

在 gamm4 中指定随机效应项与 mgcv 不同。我展示的语法在本书中提供。

gamm4 中的两个随机效应项是:

random = ~(1|xr1 + 1|xr2)

如果它们是嵌套的,则为:

random = ~(1|xr1/xr2)