是否有可能使用百亿亿级超级计算机进行完整的细菌模拟?

计算科学 计算物理学 模拟 计算生物学 百亿亿次
2021-12-13 17:10:35

是否有可能在百亿亿级超级计算机上逐个原子地模拟一个完整的(至少是简单的)细菌?还是今天已经可以使用最大的系统?

在这里,我读到科学家可以模拟细菌的细胞器。为此,他们模拟了一个由 1亿个原子组成的系统。如何知道需要哪些计算能力?

论文:“原子表型:细胞能量代谢的分子设计原理”

在 Quora 上,估计一个大肠杆菌有机体将有大约 9x10 10 个原子(其基因组大小约为 400 万个碱基对)。

迄今为止,已知最小的细菌在其基因组中约有 112K 核苷酸。

2014 年,在K 计算机上以 10 petaflops对脊髓灰质炎病毒衣壳进行了逐个原子的模拟。为了包含足够的水分子来填充和包围衣壳,冈崎和他的同事需要模拟近 650 万个原子的动力学,他们在模拟的 200 纳秒内完成了这项工作。

2019 年的一篇论文声称要模拟一个总共有20 万亿个原子的非生物环境……最高 1.33 PFLOPS,万亿在这里是 10 12在这种情况下使用的工具模拟固定分子,与更高级和复杂的从头模拟相比。

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