在哪里可以找到 XYZ 格式的简单化学结构数据库?

计算科学 计算化学 数据集
2021-11-25 17:51:26

从标题。我在哪里可以找到 XYZ 格式的简单化学结构数据库,可能带有简单的 CAS -> XYZ 或 InChi -> XYZ REST 服务?

4个回答

ChemSpider (http://www.chemspider.com/) 提供了 mol 格式的结构,它很容易转换为 XYZ,例如使用 OpenBabel (http://openbabel.org/wiki/Main_Page)。

这个网站有一些足够好的数据: http ://cccbdb.nist.gov/

实际上,为这类事情寻找可靠的网站可能有点棘手。我最近不得不搜索小分子结构,发现谷歌搜索的热门网站有一半都被关闭了。因此,这种答案可能会很有帮助。

我首选的小配体结构来源是Binding DB它是 .mol 文件格式,但是在之前的答案中已经提到了如何轻松转换。对于有限数量的小分子而言,手动转换几乎比自动化更简单。

为此,我喜欢Pubchem数据库。尽管它也包含大分子,但可以轻松指定过滤器以获取分子列表。网站还提供批量下载服务,方便大数据集。可以使用 InChI 标识符来搜索特定化合物。

CAS 到 XYZ 的转换实际上并不存在。CAS(化学文摘服务)只是 CAS 数据库中每个分子的编号。不可能以某种方式从 CAS 编号推导出结构。您可以使用 CAS 编号查找分子结构,但据我所知不是免费的。有关更多信息,请参见 www.cas.org。

使用OpenBabel软件可以将 InChI 转换为 XYZ 。我不知道这种类型的转换有网络服务。