如何可视化具有周期性、螺旋形等边界条件的晶格?

计算科学 图论 可视化 边界条件
2021-11-30 21:43:53

我正在尝试编写一个特殊的六边形晶格生成器,具有几种边界条件,例如螺旋BC,周期BC,我很难验证它是否正常工作。我尝试使用二维网络绘图(使用 networkx)来绘制它们,正如我所料,这完全是一团糟。现在我必须事先计算出邻接矩阵,并使用计算出的邻接矩阵验证生成的网络。常规格子没问题,但是如果我在格子上引入一些随机扰动,这种方法就很烦人了。如果我能看到正确绘制的网络会容易得多。

是否可以使用各种边界条件正确可视化(可能是 3D?)晶格?还是在其他软件工具中?有没有一种方便的方法来测试这种网络生成器?

谢谢。

1个回答

创建晶格(和其他周期性)结构是分子模拟中的一个主要问题。因此,如果您可以将您的观点转换为可以被查看器解析的内容,例如VMDPyMol,您应该能够生成一个可以告诉您一切是否按预期工作的视图。(当然,这假设您构建了多个晶格的周期性“单元”。)