用于分子模拟轨迹可视化的工具/解决方案?

计算科学 分子动力学 可视化
2021-12-21 16:53:43

到目前为止,我一直在使用VMD来创建分子轨迹的可视化。然而,我发现自己对最终动画的质量并不完全满意——当你想要制作一个接一个快照的电影时,模拟“移动”得太快了。

此外,我有时会收到单独的图形图像,并且需要将它们转换为动画。自从我在 OS X 上工作以来,我已经尝试过imageMagick和最近的内置iMovie但是,我希望可用的电影格式比 imageMagick 提供的更灵活,并且比 iMovie 提供的命令行界面控制更多。

所以,我想知道的是,是否还有其他可视化工具可以:

  • 给定一个 MD 轨迹,可以生成完整轨迹的快照和动画,提供比 VMD 更多的控制;要么
  • 给定一组快照(TGA、TIFF、PNG 等),能否生成多种格式的动画(MPEG、M4V 等)?
2个回答

我喜欢将ffmpeg用于静止图像中的电影。我发现这比 imovie 和 imageMagick 更好。只需确保在 Mac 上获取正确的编解码器(不记得我需要什么来使事情正常工作)并在安装后重新启动计算机。此外,如果你喜欢的话,ffmpeg 可以在macports上使用。

对分子动力学可视化不太了解,但您可以查看VisIT根据常见问题解答,它具有一些分子动力学支持,如果您需要,开发人员会非常响应和乐于助人。

如果你想成为一个真正的电影明星,你应该检查:http ://www.molecularmovies.com/

对于快照,您可以使用 mpeg 编码器播放