想到的商业 MD 代码的一个例子是 Desmond，它由 Schrödinger, LLC 授权，由 DE Shaw Research 制作。它可供学术界非商业使用，尽管我从与积极从事 MD 研究的同事交谈中得到的印象是，他们更喜欢 LAMMPS 和 GROMACS，它们是开源的社区努力。