在我攻读博士学位的过去约 4.5 年中，我编写了一个 MD 代码，主要基于 LAMMPS 和 NAMD，但重新并行化以更好地适应我的计算场景。在本次讨论中可能要提到的一件重要事情是代码在 SPDP 模式下运行，以利用至强 phi 协处理器上的宽向量寄存器。我目前正在水中使用对乙酰氨基酚，但是我似乎无法合理化我观察到的温度与时间数据的行为。我将 GAFF 力场用于对乙酰氨基酚，将 tip3p 用于水。朗之万恒温器用于温度维持，并以 2 ps 的弛豫时间运行。摇动算法用于约束所有键合氢的运动。目前，系统是2。75nm acetaminopehn 纳米晶体嵌入先前平衡的 acetaminopen + tip3p 水盒中。这些是我试图运行的相当大的模拟，由大约 2600 个对乙酰氨基酚分子和大约 30K 水分子组成，总原子数约为 150K。我注意到系统平衡在 ~321 K，即使设定点是 320 K。我通过测试发现设定点偏移在某种程度上与应用于固体纳米晶体的摇动算法有关。目前，我有以下测试用例。我有更多的情节要展示，但网站不允许我发布超过 2 个。即使设定点是 320 K。我通过测试发现设定点偏移在某种程度上与应用于固体纳米晶体的抖动算法有关。目前，我有以下测试用例。我有更多的情节要展示，但网站不允许我发布超过 2 个。即使设定点是 320 K。我通过测试发现设定点偏移在某种程度上与应用于固体纳米晶体的抖动算法有关。目前，我有以下测试用例。我有更多的情节要展示，但网站不允许我发布超过 2 个。

固体液体摇动：这是对系统中的所有氢进行摇动的情况（固体对乙酰氨基酚纳米晶体 + 液体对乙酰氨基酚 +。系统在 NPT 系统中运行，带有 langevin 恒温器（2 ps 弛豫时间）和 berendsen 恒压器（1 ps弛豫时间）。时间步长为 1.0fs。从第一张图像中可以看出，系统在 ~321 K 处达到平衡，并且明显高于 320 K 设定点。

流体系统摇动：为了测试我的摇动代码中是否存在仅在应用于对乙酰氨基酚时出现的错误，我对对乙酰氨基酚和水的流体混合物进行了平衡。该系统没有嵌入的实体球体，是使用 gromacs 的 insert-molecules 和 solvate 命令生成的。下图显示了系统在 320 K 下正确平衡。不确定嵌入式球体外壳有什么特别之处，导致它出错。

最后要注意的一件事是，我尝试改变 langevin 恒温器的摩擦常数。增加摩擦加速度使温度收敛到稳态值，但不影响稳态值本身（即 321 K）

我的具体问题是（1）其他人是否对系统在比设定点略高（~0.8-1.0 K）的温度下平衡有任何担忧。IE 抖动算法可能导致温度设定点偏移是普遍现象吗？这种偏移甚至被认为是奇怪的吗？(2) 有没有人看到我遗漏的东西？大约一个星期以来，我一直在桌子上敲打我的头。其他人有没有想过为什么摇动算法在应用于我的嵌入式固体纳米晶体时会导致系统错过设定点，但当摇动算法应用于对乙酰氨基酚 + 水流体混合物时却没有？任何帮助是极大的赞赏。我是我的研究小组中唯一一个做 MD 的人，不能向其他人提出这种非常详细的问题。