在过去的几周里，我一直在尝试重现Agarwala 的结果，但没有成功。从这篇论文中，我试图通过实现 eq.2 来重现图 2 的第一列和最后一列；下图是论文中的结晶案例：

代码主要由两部分组成：系统的构建和检查哪些站点连接到哪个站点的方法。我已经检查、测试和改进了后一种方法，它似乎是 100% 的功能。系统的构建虽然看起来是正确的，但很可能是问题出现的部分。

我尝试了几件事并更改了很多代码，但结果总是与参考不兼容。我的输出是：

结果明显不同，但我在代码中找不到任何问题，并且请记住，由于它是一种晶体结构，因此结果应该至少彼此非常相似。这是我的github，其中包含我实现的代码和两张图片：一张用于水晶盒，另一张用于随机盒。

提前致谢

PS：我打算在物理交换上发布这个，但显然因为它是关于编写我应该在这里问的代码。