我正在使用 HPC 集群来启动并行模拟。目前，4 个节点上有 48 个空闲核心，但并非每个节点的空闲核心数量都不同。分布是这样的：
node1：8核免费
node2：8核免费
node3：8核免费
node4：24核免费
我想利用所有这些资源来启动模拟。我使用 PBS 作为作业调度程序，通常我使用分配资源
qsub -l nodes=x:ppn=xxxx
在这种情况下如何分配资源？
PBS：在不同节点上使用不同的计算资源
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PBS
2021-12-23 19:29:55
1个回答
当您编写/启动 PBS 脚本时，您不应该知道哪些资源可用，您应该描述您需要哪些资源。尽管高效利用 HPC 资源很重要，但您不应承担作业调度程序的工作。
ppn但是，我猜您对为不同节点请求不同的能力感兴趣。这可以使用以下类型的请求（带有+）来完成：
#PBS -l nodes=1:ppn=3+1:ppn=8+24
#PBS -l naccesspolicy=SINGLEJOB -n
这应该请求 3 个具有 8 ppn 的节点和 1 个具有 24 ppn 的节点。问题是您的调度程序是否配置为处理此类请求是打开的。更多关于这里或官方 PBS 手册的信息。
现在，由于资源可用性随时间而变化和动态，您的 PBS 脚本必须使用某种 shell 脚本生成，该脚本将检查可用资源并生成相应的 PBS 文件。
总结一下：我个人不建议走这条路，如果这样的动态资源请求甚至符合“好公民”政策，我肯定会与 HPC 集群管理员核实。即使是这样，我仍然认为您将大量调度程序工作不必要地交给了您。
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