假设一个分子是静态的，一个是动态的，
- 可以使用 LINCS 解决动态问题的形状（角度、键长）约束，并使用单程（4 阶）LINCS 保持与静态分子的碰撞吗？
- 如果单程LINCS不足以保持分子不受干扰状态和动态分子的原始形状，那么对于动态分子的N个原子和静态分子的M个原子，平均需要多少次LINCS（order-4）？
LINCS算法可以用于碰撞分子吗？
计算科学
线性求解器
约束优化
分子动力学
2021-12-01 11:05:37
1个回答
诸如 LINCS 之类的受限模拟方法可以在整个模拟过程中保持一定的自由度，因此您可以使用它们使每个分子的行为都像刚体一样。
关于两个分子之间的相互作用，我建议你用类似Weeks-Chandler-Andersen 势的东西代替两个分子之间的非键合力。您可以在 GROMACS 中使用表格电位来做到这一点。