我正在为斐济 (ImageJ) 开发一个图像处理算法/插件,它处理扫描的显微镜载玻片图像(放大 20 倍)并从载玻片中提取特征。
载玻片包含组织学肿瘤切片,这些切片用可识别Ki-67 蛋白阳性细胞核的抗体进行免疫组织化学染色,以及可识别所有细胞核的复染剂。所谓的增殖指数,它衡量细胞分裂的速度,然后计算为阳性细胞核与阴性细胞核的比率。对于特征提取,我基本上需要从 RGB 图像中提取两个颜色分量;一个对应于阳性细胞核(二氨基联苯胺;棕色),另一个对应于阴性细胞(甲基绿;浅绿色)。
我正在使用斐济的颜色反卷积插件 ( http://www.mecourse.com/landinig/software/cdeconv/cdeconv.html ) 来分离这两种污渍。这非常有效,除非幻灯片是用记号笔绘制的。病理学家有时会用记号笔在载玻片上标记感兴趣的区域,以便以后更容易检查载玻片。我的数据集包含用红色/蓝色/绿色或黑色标记绘制的幻灯片。问题在于,除了两种污点之外的颜色的存在完全使颜色反卷积算法失败。
上图是一个放大 20 倍的幻灯片示例,显示了用黑色记号笔在图像的上半部分绘制的线条的边缘。图像的下部显示棕色的正核和浅绿色的负核。
有没有机会过滤掉这些记号笔伪影?效果类似于透过焊工的面具看,我不想以某种方式从图像中减去面具。如果我无法过滤掉标记,我可能只需要手动裁剪出具有这些伪影的部分。
编辑:
我已经按照 Aaron 的建议尝试了高通滤波。我使用了 ImageJ 的高通滤波器插件,它从源创建一个高斯模糊图像,然后从原始图像中减去这个模糊图像。图像在这里(半径/模糊长度或使用的高斯标准偏差为 20 像素):
神器快没了,晶核还能辨认,真好。原件中的淡黄色背景颜色(由于扫描仪的校准问题)也消失了。
但是,我也想了解这是如何工作的。:) 高斯对每个像素的 RGB 值有什么作用?我应该如何选择高斯的像素半径?维基百科的高斯模糊文章对我来说并不是那么清楚。还有其他方法可以为图像数据实现高通滤波器吗?