BUGS/OpenBugs 有一个特殊的构建系统，这使得在某些系统上编译代码变得非常困难——比如人们不得不求助于 Windows 仿真等的 Linux（和 IIRC OS X）。

另一方面，Jags 是一个用标准 GNU 工具编写的全新项目，因此可以移植到几乎任何地方——因此可以在任何地方使用。

因此，简而言之，如果您的系统是 Windows，那么您确实有一个选择，并且如果您搬家的话，可能会被困在 Bug 上。如果您不在 Windows 上，那么 Jags 可能是更好的选择。

对于那些在路上发现这个问题的人：现在还有Stan。Stan 有朝一日可能会取代 OpenBUGS 和 JAGS，但它还不支持这些其他软件包所做的所有分析。

出于速度的原因，我建议您对 openbugs 进行测试。我在 Linux 系统上都试过了，而且 jags 更快。

我发现 jags 在 Linux 中运行更顺畅，并且更易于设置， 但它目前不支持 GeoBUGS 支持的空间分析。所以，我使用 OpenBUGS。