我正在寻找有关其他人如何组织他们的 R 代码和输出的输入。
我目前的做法是在文本文件中以块的形式编写代码，如下所示：
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# 19 May 2011
date()
# Correlation analysis of variables in sed summary
load("/media/working/working_files/R_working/sed_OM_survey.RData")
# correlation between estimated surface and mean perc.OM in epi samples
cor.test(survey$mean.perc.OM[survey$Depth == "epi"],
survey$est.surf.OM[survey$Depth == "epi"]))
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然后我将输出粘贴到另一个文本文件中，通常带有一些注释。
这种方法的问题是：
- 除了按日期外，代码和输出没有明确链接。
- 代码和输出是按时间顺序组织的，因此很难搜索。
我考虑过用所有东西制作一个 Sweave 文档，因为我可以制作一个目录，但这似乎比它提供的好处更麻烦。
让我知道您用于组织 R 代码和输出的任何有效例程，这些例程将允许有效地搜索和编辑分析。