有一段时间，我想停止将我的 R 结果复制粘贴到文字中，但爬上 LaTex 山似乎很值得。最近，我发现了 LyX，对于像我这样不想编写文本但希望将 R 分析与文本结合起来的人来说，这是一个外行的解决方案。
但是，我发现关于 LyX+R 的更新文档很少- 这导致我写下我的问题：
Tal，我也加入了 Lyx-Swave 的潮流，并开始使用 Lyx 撰写我的心理学硕士论文。
然而，由于各种问题（例如遵守新的 APA 6th 标准和其他期刊规范、正确的参考文献格式等），我放弃了 Lyx 并转换为直 tex。我发现很难在 Lyx 中实现我想要的 - 我不得不一直使用邪恶的红色文本（纯 tex），并意识到一直坚持使用邪恶的红色文本（即纯 tex）给了我更大的灵活性和机会。
关于实际出版，在我的领域（心理学）中也很少有期刊会接受 tex 或 pdf 格式的提交 - 将 tex 转换为 word 是一种痛苦，尤其是表格......
第三个问题是关于合作。我的同事很少使用 tex，甚至更少使用 Lyx，而且大学不支持安装或维护安装，这意味着人们有不同的版本，缺少软件包等。
我现在采用的是使用 R (rstudio) 进行所有带有文档的分析，但只是使用它来生成表格和图形。然后我用 word 写我的论文，并将 pdf 表格（xtable 非常好）和 R 中的数字包含在这些表格中。我发现大多数期刊都允许您上传 pdf 格式的表格和图表。
另一种可能性是使用 Rstudio 编写分析，您需要很少的乳胶代码行来生成一个可编织的 .Rnw 文件：
\documentclass{article}
\begin{document}
<<>>=
your code goes here
@
\end{document}
使用此文件进行分析，在 Rstudio 中（或R CMD Sweave filename.Rnw在命令提示符下）点击“编译 PDF”以制作 tex 文件（如果您使用 Rstudio，则为 PDF），然后使用 texniccenter 或 texworks 等编辑器打开此 tex 文件输入和编辑周围的文字。这些编辑器为您提供了粗体和斜体、标题级别等命令的快捷方式，并且使您免于学习实际代码。当您变得更高级时，使用\Sexpr{}将结果直接插入文本不会很难！如果您遇到与丢失有关的错误，Sweave.sty只需复制此文件（在 R 目录中找到r\r-version\share\texmf）并将其放在与您当前尝试“编织”的文件相同的目录中。
我在你的博客和你的答案中看到了你在 R 方面的技能，所以我知道学习使用 sweave 所需的一点点 tex 对你来说是不匹配的！
祝你好运。
这是我的问题。你的旅费可能会改变。
1）对于工具，除了 R + LyX 之外的一切都是锦上添花。就我而言，我使用 Emacs + ESS + AUCTeX、Org-Mode、终端和 RStudio。再一次，R + LyX 会让你在紧要关头度过难关。
2）LyX 摆脱（阅读：隐藏）许多您需要跟踪的额外文件夹/废话。我刚刚打开了我的一个项目，我只有一个根目录和一个 /img 文件夹，用于保存那些不是由 Sweave 生成的图像。其他的一切都是锦上添花。
3) 使用 LyX，您只需起床即可！关键是您不必摆弄诸如文档类或其他任何东西。刚开始写作，你可以在以后完善其他所有内容。是的，有时我会运行一个冗长的计算并将其保存在一个 .RData 中，我稍后会加载它。我不会摆弄 R 代码（即 .r 文件），因为我可以稍后再处理它。（至少，你曾经能够）。
4）如果是一个非常小的项目，我使用 RStudio。如果是中型项目，我打开 LyX 开始。如果这是一个包含大量编码的大型项目，我通常会使用 Emacs/ESS 并稍后复制粘贴到 LyX。如果这是一个非常庞大的项目，我使用的是 LyX，但最近使用的是 Emacs Org Mode。
5）我使用与其他地方相同的 R 包，而 LyX 不是该等式中的一个术语。
6) Yihui Xie 有很多很棒的东西。
一些有助于您决定保留/放弃 LyX 的一般性评论：
a) LyX 有一个知识渊博的社区可以帮助您，而且他们反应迅速。
b) 我曾使用 LyX 参与过大大小小的项目。对于 1) 快速的东西或 2) 巨大的东西，它真的很强大，你需要标记、做索引和/或参考书目。此功能适用于 Emacs，但对于 LyX，它是开箱即用的，随心所欲。
c) LyX 不适合即时预览您的 LaTeX 和/或 Sweave 代码（这可能是 Sweave 数字的真正 PITA）。我发现 Emacs Org-Mode 两者都做，而 AUCTeX 做前者。
d) 顺便说一句：现在我想起来了，我已经使用文本编辑器（Emacs/ESS 或 RStudio）在粘贴到 .lyx 文件之前运行/润色代码，仅仅是因为当你的项目很大时，编译整个事情只是几行。当项目很小时，这两种方式都没有关系。
e) 和 BBTW，@Tormod 认为协作是一个问题是正确的，但在可预见的未来，它始终存在并且将继续存在。使用 LyX，您可以导出到 Sweave/LaTeX/HTML/OpenDocument，如果您的好友都没有使用该列表中的任何内容，那么您需要找到不同的好友。:-)
f) B^{3}TW：最初吸引我使用 LyX 的警笛歌曲是它对数字和表格的自动处理——它们再简单不过了。您可以混合和匹配您喜欢的任何图形文件类型，并且 LyX 知道要加载哪些包以及要执行哪些转换以使其正常工作。这是我在使用 Org Mode、AUCTeX 和 RStudio 进行其他项目时再次忍受的痛苦。
我想我可能应该给出一个完整的答案，所以就在这里。
我不使用 Lyx，我使用香草 LaTeX。我尝试使用 Lyx，但它让我感到困惑，我实际上发现纯乳胶更容易理解。为了我的钱，Lyx 的界面太像一个文字处理器，并且对我隐藏了代码（虽然我没有使用它很长时间，所以可能有办法绕过它）。我将 Emacs 与 Emacs 说统计信息和 Auctex 一起用于我的 sweave 和 latex 文件。这具有非常好的文档、跨平台支持和 Rnw 文件中 LaTeX 和 R 的语法突出显示的好处。正如我在评论中所述，它还使得从 R 缓冲区（一个 emacs 术语）中的交互式分析到我打算用于我的报告/论文/论文的 Sweave 文件变得更加容易。
我绝对将我所做的一切都保存在 Sweave 文件中（因为痛苦的经验告诉我，你没有放入文件中的一件事将是你遇到的问题）。
我通常每个项目/论文有一个文件夹，这个文件夹包含所有输入数据文件、sweave 文件和所有输出图形/数据文件。随着时间的推移，这个文件夹会变得非常拥挤，所以我通常为我的最终文档创建一个子文件夹，然后从那里重新运行分析。
如上所述，我将所有内容放在 sweave 文件中，以确保可以重新运行所有分析。我通常在重新生成 sweave 文件之前在我的 R 缓冲区上调用 rm(list=ls()) ，以确保确定。Rda 文件很危险，因为我的对象不能完全重现。话虽如此，如果您的计算需要很长时间，那么在确定它可以工作之后，您可以将 sweave 块更改为 eval=FALSE，然后从 Rda 文件加载该对象。这是最后的手段（这个建议无耻地从安德鲁·格尔曼那里偷来）。
我尝试对所有分析保持相同的策略，但如果我开始做更多的贝叶斯工作（由于涉及大量计算），这可能会改变。
我最常用于 LaTeX 的包是 xtable，它适合我的需要。我不倾向于使用 cacheSweave，因为我有一种病态的恐惧，担心之后我将无法复制我的分析。
推荐链接： Sweave manual Emacs for windows with ess and auctex TeX for the impatient
老实说，我发现学习 LaTeX 的最好方法就是开始学习它。网上有很多 Sweave 模板，买一个开始编码吧。除非您想做一些花哨的事情，否则谷歌搜索错误消息可能会解决您的问题。有一个心理学家的指南也漂浮在周围，这也非常有用。
最后，LaTeX 通常工作方式，在 Mac 或 Linux 上都更好（Ubuntu 总是很好），并且 Emacs 在 Linux 上更容易扩展。如果您确实需要继续使用 Windows，请将 R 和 LaTeX（Miktex 很好，选择即时安装选项）安装到路径中没有空格的位置（例如，c:\bin 而不是 c:\程序文件）。从长远来看，这将为您节省很多麻烦（但真正安装 linux，r 更快，latex 效果更好，命令行工具会死）。