机器算法验证 - glmer 的残差 - 吾爱随笔录

我正在运行一个 glmer 模型，我想确定总方差。我的数据是为了生存，它被编码为 0 和 1，其中 1 代表个人幸存，0 代表个人死亡。我的数据代表来自全因子杂交的后代，其中一些个体是全同胞或半同胞。

运行 glmer 模型时，汇总输出中没有剩余方差。我已经读过，对于具有二项式数据和 logit 链接函数的广义线性混合模型，残差方差应为 (π^2)/3 (Nakagawa, S., Schielzeth, H. 2010。高斯和非高斯数据的可重复性：a生物学家实用指南。Biol. Rev. 85:935-956。）。

这是真的？还是有不同的方法来计算 glmer 的残差？

这是我的模型和输出：

model6 = glmer(X09.Nov~(1|Dam)+(1|Sire)+(1|Sire:Dam), family=binomial, data=data)
summary(model6) 

Generalized linear mixed model fit by maximum likelihood (Laplace Approximation 
      [glmerMod]
 Family: binomial  ( logit )
Formula: X09.Nov ~ (1 | Dam) + (1 | Sire) + (1 | Sire:Dam)
   Data: data

    AIC      BIC   logLik deviance df.resid 
 1274.4   1295.3   -633.2   1266.4     1375 

Scaled residuals: 
    Min      1Q  Median      3Q     Max 
-3.2747  0.3366  0.3931  0.4664  1.1090 

Random effects:
Groups   Name        Variance  Std.Dev. 
Sire:Dam (Intercept) 3.853e-01 6.207e-01
Sire     (Intercept) 4.181e-02 2.045e-01
Dam      (Intercept) 6.036e-09 7.769e-05
Number of obs: 1379, groups:  Sire:Dam, 49; Sire, 7; Dam, 7
Fixed effects:
            Estimate Std. Error z value     Pr    
(Intercept)   1.6456     0.1419    11.6 <2e-16 *