将 glmer (lme4) 模型规范翻译成 MCMCglmm

机器算法验证 r 马尔可夫链蒙特卡罗 咕噜咕噜 lme4-nlme
2022-04-10 05:25:51

我在使用 lme4 中的 glmer 函数估计以下模型时遇到了一些计算问题:

glmer(Y ~ x1*x2 + x2*x3 + (1+x1+x2|class) + (1|obs), family=poisson)
  • whereclass指的是我的分组,
  • obs指的是观察(因为我想要观察级别的随机效应)。

我想试试这个MCMCglmm包(不幸的是,没有深入了解 MCMC),但不知道如何指定随机效果。到目前为止,我的草稿命令是:

MCMCglmm(fixed = Y ~ x1*x2 + x2*x3, 
  random = ~ class + x1:class + x2:class + obs, family="poisson")

你能帮我指定型号吗?

2个回答

根据MCMCglmm 文档:“可以使用 + 运算符传递多个随机项”(就像您已经做的那样)。话虽如此,您似乎正在定义多个随机截距并且没有随机斜率。

一般来说,您需要使用类似于 的语法~us(1+x1):x2,其中x2是您的离散变量(用于截距),x1是您的连续变量(用于斜率)并us表示非结构化随机协方差。您可能想要检查其他协方差结构(例如,idh对于一个身份)。请查看相关MCMCglmm 课程笔记中分别处理分类随机交互连续随机交互的第 3 章和第 4 章总览文档也很有帮助(而且更简洁)我不能足够强调这些笔记有多么有用,不阅读它们就使用它们对我来说几乎是不可能的。MCMCglmm

我怀疑你想要一个类似的结构: ~us(1+x1+x2):class + obs但在使用它之前请检查两次。请注意,默认情况下不适合方差结构模型的全局截距,因此您需要+1对于lmer.

祝你好运指定你的先验!:D

据我了解,MCMCglmm 泊松模型默认包含观察级随机效应,因为作者似乎认为过度分散是常规情况,而不是例外。在手册中称为添加剂过度分散。在 MCMCglmm 总结中,它被称为单位效应