如何从 R 的 coxph 中获取完整模型的 p 值?

机器算法验证 r cox模型
2022-03-26 05:56:38

在具有 2 个变量(假设年龄和性别)的 coxph 模型中,我如何获得我在摘要(coxphobject)中看到的 LR、Wald 和分数测试的 p 值,如下所示?

Concordance= 0.653  (se = 0.058 )
Rsquare= 0.085   (max possible= 0.924 )
Likelihood ratio test= 30.09  on 12 df,   p=0.002708
Wald test            = 34.73  on 12 df,   p=0.0005169
Score (logrank) test = 34  on 12 df,   p=0.0006736,   Robust = 17.61  p=0.1279

我认为摘要中p=...针对每个模型表示的那些值是完整模型的 p 值,但我不知道如何检索它们。如果只有一个变量,比如说年龄,那么我可以使用 检索 p 值 summary(coxphobject)$coefficients[5],这与我在summary(coxphobject). 但是当有两个变量(年龄和性别)时,分别summary(coxphobject)$coefficients[1,5]给出年龄和性别summary(coxphobject)$coefficients[2,5]的 p 值,但它们都不同于我在summary(coxphobject)LR、Wald 和分数测试中看到的完整模型的 p 值。

我很感激任何帮助。谢谢。

1个回答

1)放入summary(coxphobject)变量

summcph <- summary(coxphobject)

2)检查它str()

str(summcph)

价值观!无处不在的价值观!

所以我们发现,(在上面的输出中逐行进行):

a) 一致性值

summcph$concordance

b) Rsquare 值

summcph$rsq

c) 似然比检验值

summcph$logtest

d) Wald 测试值

summcph$waldtest 

e) 分数测试值

summcph$sctest

f) 稳健的价值观

summcph$robscore

如果您发布一个可重复的示例,而不是让我们去查找您的数据集以检查我们是否在执行所有选项,这真的很有帮助例如,您没有提到您有一个集群术语。(这对您来说需要额外的时间,并且在我试图弄清楚为什么我无法获得最后几个值时会为我节省十分钟。至少您可以提到您在帮助中运行的示例!)