对于动态系统 (ODE) 模型中的参数估计,ABC 如何比精确贝叶斯计算更高效?

机器算法验证 贝叶斯 造型 马尔可夫链蒙特卡罗 近似贝叶斯计算 近似推理
2022-03-25 16:50:30

近似贝叶斯计算已被建议作为计算密集型模拟的参数估计方法,最常见于群体遗传学,但也适用于动态系统,例如,Toni 2009并应用于nat 方法中发布的相应 abc-sysbio 工具

在动态系统模型中,计算可能性的成本很高,因为它需要运行模拟来评估可能性。然而,与随机种群遗传学模型不同,人们可以通过想象 RMSE 的概率表示(例如,将误差视为正态分布)合理地从动态系统模型中获得似然性,并从单个模拟中获得似然性。

因此,在精确贝叶斯计算和近似贝叶斯计算中,每个似然计算都需要运行一个 ODE 模拟,与精确贝叶斯计算方法相比,ABC 在计算上有何优势?加速从何而来?

1个回答

它看起来与 HMC 相似,因为它使用一种随机梯度而不是随机游走。我没有看到他们说他们可以根据单个模拟进行估算。相反,看起来您可以更快地获得好的值。它看起来与 HMC 非常相似,因为它是在 Stan 中实现的。我实际上会推荐 Stan,因为它看起来有更好的文档,并且目前有一些书籍。