如何简化 coxme 生存模型?

机器算法验证 r 生存 混合模式 cox模型
2022-03-15 01:29:02

我有一些关于coxme在 R 中指定(混合效应 Cox 比例风险)模型,然后在阅读coxme文档后对其进行简化的问题。情况是这样的:

我将 4 块小珊瑚碎片粘在小瓷砖上,我将它们放置在 10 个大珊瑚群(即场地)东西方 4 距离处。因此,每个图块代表一个距离-方向-站点组合。我每天检查小珊瑚碎片,看看哪些在一夜之间死亡,在实验结束时有些还活着(因此,被审查)。因此,我每个图块有 4 个碎片*4 距离*2 方向*10 个站点 = 320 个小碎片。距离和方向是固定效果,而每个片段所在的图块和站点是随机效果。另外,每个大菌落的大小都不一样,所以大菌落的大小也应该是随机效应(SiteSize)。

我为表达这一点而编写的 R 模型是:

mefull<-coxme(Surv(death, censor) ~ Distance*Direction+(1|Site/Tile) +(1|SiteSize))
  • 首先,谁能告诉我这是否正确指定了我上面描述的情况?

    运行这个模型后,我发现固定效应和它们的交互作用都不显着。Site此外,和的标准差SiteSize是相同的(~1.12),这对我来说似乎很奇怪。这有什么原因吗?它们都大于 1 的事实向我表明,它们对生存做出了很大的贡献。那是对的吗?

  • 我的下一个主要问题是如何简化这个模型。我的直觉(基于阅读此处的手册和帖子)是依次消除每个随机效应并比较结果模型的集成对数似然的 AIC;在这个公式中,具有较高 AIC 的模型是首选。那是对的吗?

    • 但是,我还想尝试通过删除不显着的固定效应来简化模型,从它们的交互开始。如何在消除随机效应的同时做到这一点?

    • 我应该从删除哪些术语开始,或者只要我从高阶术语(即交互)开始,顺序就无关紧要了吗?

    • 我可以尝试尽可能多的组合吗?或者多个测试的问题会发挥作用吗?

    一些选项是移除其中一种随机效应 (me2) 或移除固定效应之间的相互作用但保持随机效应 ( me3)。

    me2<-coxme(surv ~ Distance*Direction+(1|Site/Tile))
    me3<-coxme(surv ~ Distance+Direction+(1|Site/Tile)+(1|SiteSize))
    

    当我运行这些和其他因素组合时,它们的 AIC 总是低于完整模型的,这对我来说表明完整模型是最好的。任何有关如何简化此模型的指导将不胜感激。

  • 最后,要将具有随机效应的模型与没有随机效应的模型进行比较,我可以将 NULL 对数似然与集成对数似然进行比较吗?根据我对 coxme 手册的理解,越接近 0 的模型越好,所以如果积分越接近 0,那么具有随机效应的模型优于没有随机效应的模型。

非常感谢您的时间和帮助。

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