机器算法验证 - 与 R 中的 ANOVA 对比 - 吾爱随笔录

我需要将正交对比拟合到以下模型。请参阅以下示例数据：

   rep <- c(rep( 1, 15), rep(2, 15))
    parent1 <- c(1, 2, 3, 4, 5, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 3, 3, 4, 1, 2, 3, 4, 5, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 3, 3, 4)
    parent2 <- c(1, 2, 3, 4, 5, 2, 3, 4, 5, 3, 4, 5, 4, 5, 5,1, 2, 3, 4, 5, 2, 3, 4, 5, 3, 4, 5, 4, 5, 5)
    yld <- c(10, 12, 13, 14, 15, 12, 13, 14, 15, 13, 14, 15, 14, 15, 15,11, 13, 12, 13, 15, 14, 12, 13, 15, 12, 15, 15, 13, 15, 16)
    mydf <- data.frame(rep, parent1, parent2, yld)
    mydf$parent1 <- as.factor(mydf$parent1)
    mydf$parent2 <- as.factor(mydf$parent2)

Parent1 和 Parent2 是因子。

    mode11 <- lm(yld ~ rep + parent1:parent2, data = mydf)
    anova(mode11)

我需要拟合对比，我想交互系数的处理顺序是：

Parent1    1, 2, 3, 4, 5, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 3, 3, 4    
Parent2    1, 2, 3, 4, 5, 2, 3, 4, 5, 3, 4, 5, 4, 5, 5 

# contrasts for Parent1:Parent2 interaction 
mycontrast <- c(-4, -4, -4, -4, 4,  2, 2, 2, 2, 2,  2, 2, 2, 2,2)

我想在正交对比（mycontrasts）之上应用。我已经习惯了 SAS 来进行这种缺乏分析，但在 R 中却没有。
我有两个问题：

(a) 我怎样才能正确地对上述模型应用对比？

(b) 我在写系数时关心处理的顺序。查看我假定的命令：它们正确吗？我认为这应该是按字母顺序排列或在文件中排序。

编辑：以下是我自己回答问题的进度

>     mode11$coefficients # to see all coefficients 

>     mode11$coefficients[1:5] # just first five to save space here 
     (Intercept)               rep parent11:parent21 parent1**2**:parent2**1** parent1**3**:parent2**1** 
     1.500000e+01      1.087998e-15     -4.500000e+00                NA                NA

正交对比度是否应该以此处的比较排序方式排序 - 1-2、2-1、3-1 等等。由于设计不平衡，您可以看到一些组合丢失，所以我们应该为它们提供一个像 0 这样的值。

  contrasts(parent1:parent2) <- cbind(c(-4, -4, -4, -4, 4,  2, 2, 2, 2, 2,

2, 2, 2, 2,2,-4, -4, -4, -4, 4, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2,2 )) contrasts<-( *tmp*, 值中的错误= c(-4, -4, -4, -4, 4, 2, 2, 2, : 对比仅适用于因子另外：警告消息：1：在*tmp*:parent2 中：数值表达式有 30 个元素：只有第一个used 2: In *tmp*:parent2 : 数值表达式有 30 个元素：只使用第一个