经典的拉丁方将两个因素的相互作用与主效应混淆。如果第二个拉丁方格在组合关卡的方式上与第一个方格不同，您或许可以打破一些混乱。如果两者相同但以不同的顺序运行，您将获得纯误差的估计。哪个更好取决于您愿意做出哪些假设以及哪些知识对您更重要。

如果可能的话，运行顺序应该是随机的。即使你两次使用同一个方块，你也应该分别随机化每个方块。如果你两次得到相同的运行顺序，几乎可以肯定你的随机化出了问题。