机器算法验证 - 拆分数据框的数字列 - 吾爱随笔录

我有一个数据框 df ，如下所示

  name  position            
1 HLA   1:1-15            
2 HLA   1:2-16 
3 HLA   1:3-17

我想根据“：”字符将位置列分成两列，这样我得到

name    seq    position            
1 HLA   1       1-15            
2 HLA   1       2-16 
3 HLA   1       3-17

所以我认为这可以解决问题，

df <- transform(df,pos = as.character(position)) 

df_split<- strsplit(df$pos, split=":")

#found this hack from an old mailing list post
df <- transform(df, seq_name= sapply(df_split, "[[", 1),pos2= sapply(df_split, "[[", 2))

但是我收到一个错误

Error in strsplit(df$pos, split = ":") : non-character argument

有什么问题？你如何在 R 中实现这一点。我在这里简化了我的案例，实际上数据框运行到超过十万行。

df_split<- strsplit(as.character(df$position), split=":") df <- transform(df, seq_name= sapply(df_split, "[[", 1),pos2= sapply(df_split, "[[", 2)) > > df name position pos seq_name pos2 1 HLA 1:1-15 1:1-15 1 1-15 2 HLA 1:2-16 1:2-16 1 2-16 3 HLA 1:3-17 1:3-17 1 3-17

> a <- data.frame(x = c("1:1-15", "1:2-16", "1:3-17")) > a x 1 1:1-15 2 1:2-16 3 1:3-17 > a$x <- as.character(a$x) > a.split <- strsplit(a$x, split = ":") > tmp <-do.call(rbind, a.split) > data.frame(a, tmp) x X1 X2 1 1:1-15 1 1-15 2 1:2-16 1 2-16 3 1:3-17 1 3-17