Graphviz 应该可以工作。我相信与佛罗里达大学稀疏矩阵集合中的矩阵相关的图像是使用 sfdp 可视化的，sfdp 是由 Yifan Hu 开发的一种力导向图可视化算法。集合中的大多数矩阵都有与生成相应可视化相关的计算时间，因此您可能能够搜索其图形具有与您希望可视化的图形相似的特征的矩阵。例如，一个具有约 210 万个节点和约 300 万条边的图需要 Hu 约 36000 秒或 10 小时才能生成. 虽然尚不清楚使用什么硬件来生成图表，但使用台式机或笔记本电脑可能是一个合理的猜测，而且时间至少可以让您大致了解渲染图表可能需要多长时间。胡的算法似乎是最先进的可视化算法之一（他于 2005 年发表），但不是该领域的专家，我无法谈论是否存在更好的算法。该算法作为一个选项包含在 Graphviz 中，旨在用于大型图，例如您描述的图。

JavaScript InfoVis Toolkit有一个简洁的交互式界面，用于带注释的本地图形视图。这些演示可能与您相关：

• Debian 软件包依赖项（注意：这是一个没有脚本的存档页面）
• 带树（这是另一个本地可探索版本）

请参阅 Graphinsight 1.2，可以轻松处理数百万个节点，并且它是交互式的和 3D 的。

您还可以使用高效的代数方法或力导向方法来布局具有数百万个节点和边的图。它有试用版供评估（免责声明：我是该程序的作者之一）。

www.graphinsight.com

以下是随时间收集的一些建议和链接：

• 对于 2M 节点，很难推荐任何不了解您的硬件的东西，并且可能需要进行一些数据缩减，但是采用免费提供的东西，zGrViewer可能适合您的可视化需求（需要 GraphViz）。
• 按照@pyCthon 的想法，建议您也看看VisIt以了解绘图中的一些交互性。
• 我正在重新访问Rigraph统计语言的包，其中包括简洁的布局算法（Fruchterman-Reingold 和 Kamada-Kawai）等。
• 大型图形布局库现在在 SourceForge 上。