具体来说，我想扩展涉及 B3LYP 的工作，从 Gaussian 03 开始，但从 GAMESS-US 继续。默认 B3LYP 方法提供的能量是不一样的。GAMESS-US 手册中对此进行了讨论（更多信息部分）：
请注意，GAMESS 中的 B3LYP 部分基于 VWN5 电子气相关泛函。由于 VWN 关于局部相关性的论文中提到了具有两种可能参数化的五个公式，因此其他程序可能会使用其他选择，因此会产生不同的 B3LYP 能量。例如，NWChem 的手册说它默认使用“带有 RPA 参数的 VWN 1 函数，而不是规定的 Monte Carlo 参数”。如果您希望在 B3LYP 混合动力车中使用此 VWN1 公式，只需选择“DFTTYP=B3LYP1”。
它说 GAMESS 和 NWCHEM 之间的默认值不同，并且有一个选项可以让 GAMESS 执行与 NWCHEM 默认执行相同的计算。
如何让 G03 和 GAMESS B3LYP 计算一致？
各种软件包的 B3LYP 的默认实现和它们的功能有什么区别，即它们的 B3LYP 定义/实现是否可以调整？
爱信已经回答了你的部分问题。我可以为您提供更多关于 GAMESS(US) 的信息。
可以使 GAMESS(US) 使用与 Gaussian 03 相同的 B3LYP“类型”。为此，您需要指定“DFT=B3LYP1”，正如您在问题中已经提到的那样。这将选择具有 VWN 公式 1 RPA 局部相关性的 B3LYP，据我所知，这与他们在其他一些程序（如 Gaussian 03）中所谓的 VWN 公式 III 相同。
当然，在两个程序中选择相同的功能并不是获得相同结果的唯一要求。其他一些需要考虑的事情是：
基础设置。两个程序都必须使用完全相同的基组。如果您在 Gaussian 中使用内部存储的基组（例如，6-31G(d,p)），则可以通过将关键字 GFINPUT 添加到路径部分来使 Gaussian 打印基组详细信息。GAMESS(US) 在其主输出中打印基组详细信息。
网格大小。默认情况下，Gaussian 03 使用 (75,302) 网格，而 GAMESS(US) 使用 (96,302) 网格。在 Gaussian 中，网格大小可以通过 INT 关键字来控制。在 GAMESS(US) 中，您应该查看 $DFT 组中的 NRAD 和 NLEB 关键字。网格的类型也会有所不同，但据我所知，GAMESS(US) 和 Gaussian 使用了类似的网格。
积分截止。这两个程序都忽略了非常小的积分，因为这将加快计算速度，而不会对准确性产生重大影响。但是，两个程序之间的截止因子可能不同，这可能导致结果略有不同。在 Gaussian 03 中，您可以使用 IOP(3/27) 控制截止因子。在 GAMESS(US) 中，您可以在 $CONTRL 中使用 ICUT 关键字。
SCF 收敛。Gaussian 通常使用 EDIIS 和 CDIIS 进行 SCF 程序，而 GAMESS(US) 使用 DIIS 或 SOSCF。如果您的情况对于 DFT 来说不太复杂，那么这两种方法都应该收敛到相同的解决方案。但是，如果您想比较两个程序获得的能量，您应该指定非常严格的收敛标准。
关于几何优化：Gaussian 和 GAMES(US) 使用非常不同的坐标系、几何优化器和收敛标准。使两个程序优化到完全相同的几何形状是困难的，甚至是不可能的。
您可能还需要考虑其他一些细微的差异。也许最好从 Hartree-Fock 计算开始，看看这两个程序是否产生相同的 SCF 能量——这将函数和 DFT 网格的差异排除在外。
希望这可以帮助。
根据手册，B3LYP 的高斯实现使用 VWN3 功能。
让 Gaussian 使用 VWN5 函数，因为它有点棘手，但显然可以通过将以下所有内容添加到路由行来完成：
bv5lyp- 指定哪些功能组件 - Becke 交换，与 VWN5 本地、LYP 非本地相关。iop(3/76=1000002000)- 20% HF 交换，加上iop(3/77=0720008000)- 72% Becke 非本地交换，加上 80% Slater 本地交换，加上iop(3/78=0810010000)- 81% LYP 非本地相关性，加上 100% 的 V5LYP VWN5 本地相关性。（你可以看到为什么人们试图避免使用 IOP 关键字。）有关使用这些关键字的更多信息，请参见前面提到的高斯手册的 DFT 关键字页面，在“用户定义的模型”下。
我对 GAMESS 不是很熟悉，但它似乎没有使用 B3LYP 的 VWN3 版本的选项，所以看起来你似乎不能走另一条路。
至于其他包中的这些和适应性，我知道 Turbomole 已经列出了 B3LYP（使用 VWN5）和 B3LYP_Gaussian（使用 VWN3），ADF 的手册建议你只能在 B3LYP 中使用 VWN5，但你可以调整 HF 的数量交换如果那是你想做的事情。
NWChem 的内置 B3LYP 应该与高斯的一致，以 Thom 的答案中提到的网格和公差问题为模。您可以使用显式 XC 接口指定支持成分的任何功能形式：http ://www.nwchem-sw.org/index.php/Density_Functional_Theory_for_Molecules#XC_and_DECOMP_--_Exchange-Correlation_Potentials 。
我知道这个问题已经得到解答，但我想添加 NWChem 细节以确保完整性，因为该问题表明希望使 GAMESS=NWChem=Gaussian。
附带说明一下，Dalton 支持 B3LYP 和 B3LYP-G。后者与 Gaussian 一致，而前者是可能与 GAMESS 一致的更规范的版本。