这可能是 Petsc 新手的问题，但是...
我正在使用 Petsc 来解决大型稀疏线性系统。矩阵的初始创建相当慢，我理解这主要是由于内存分配；暂时可以忍受。我的问题是，随着模拟的进行，我的域/网格的结构会发生变化，因此需要增加结果矩阵的大小。我真的需要每次都为此创建一个全新的矩阵，还是有办法只调整现有矩阵的大小？（即为了避免从头开始重新分配整个矩阵的成本。）
我曾尝试调用 MatSetSizes，但它给了我一个错误：“无法将行大小更改/重置为 [...]”我做错了什么，还是这是一个基本限制？
是否可以在 Petsc 库中动态调整稀疏矩阵的大小？
计算科学
pde
线性代数
宠物
2021-12-04 13:25:41
2个回答
邮件列表中给出的一般建议通常是关于高效组装。
最简洁的答案是不; 这是一个基本限制。更长的答案是，一方面，没有“全部结束”的稀疏矩阵实现。一般来说，它会更快：
- 遍历您的网格/域，计算组装矩阵中需要多少条目
- 创建/分配所述矩阵
- 组装矩阵
大部分时间将花费在线性/非线性求解器上，因此与计算解决方案相比，矩阵组件很小（嗯，至少这是目标）。
您可能想查看创建 VecScatter；甚至更好的是，尝试使用 PETSc 的 DMDA（用于结构化）或 Sieve（实验性，用于非结构化和主要是 FEM 域）来管理您的网格。这些 PETSc 网格对象将为您维护大部分细节划分、矩阵创建和 vec 散射，因此您不必自己编写 MPI 代码。
最简洁的答案是不。矩阵组装完成后，您无法调整其大小，MatSetSizes() 用于在组装前设置大小。
我会考虑使矩阵创建更快 - 如果您适当地预先分配矩阵，请参见例如PETSc FAQ 中的这个问题。
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