我正在尝试对从 lammps 生成的原子坐标数据集进行分析。我在三斜方盒中模拟了一个 α 甘氨酸晶体。框向量如下所示,其中 xy、xz 和 yz 是倾斜因子。
xlo = -0.34; xhigh = 40.466
ylo = -1.6283; yhigh = 49.50861
zlo = 0.77; zhigh = 39.79
xy = -8.62; xz = 0.0; yz = 0.0
在立方盒的情况下,实现周期性边界条件的方法很简单。
if(x.gt.xhigh)x=x-xbox
if(x.lt.xlo)x=x+box
等等。
但是,我似乎无法弄清楚如何处理三斜箱的倾斜因素,以正确实施 PBC。有人可以为我提供一个概述这个的代码片段吗?