我刚开始从事一些生物物理学研究，我正在四处寻找一个好的 MD 库来使用。现在大学里有一个用 C 语言设置的，具有 openMC 并行化，但代码在这一点上被如此拼凑在一起，很难说出发生了什么。
我确实可以访问计算集群，并且几个节点确实连接了 Nvidia Tesla GPU。因此，可以分配负载并使用 CUDA 的东西将是一个巨大的帮助。我将尝试运行的实际模拟非常简单 - 一组粒子的扩散，同时还有一些其他物体可以在粒子之间作用，从而导致额外的非布朗力。我知道这可能会导致某些 MD 库出现问题。现在，一次在一个节点上运行一个模拟，然后我们在所有可用节点上运行 N 个模拟。
与模拟一起进行的可视化也将非常有用，因为在某些情况下制作模拟电影在谈话等方面很有用。