以下问题是关于使用邻居列表进行分子动力学模拟的实施。在单个粒子的路径是(i)随机和(ii)有些粗糙,没有明确定义的速度的情况下,以允许粒子之间偶尔出现非物理重叠的方式维护邻居列表似乎是合理的(为了性能) ,但概率很低,否则会阻止绝大多数粒子重叠。粒子可能能够移动有序的距离在步骤,但由于随机性,通常仅限于半径有序的球. 在这种情况下,是否有可能通过“重放”步骤进一步减少重叠错误,其中通过将模拟恢复到较早的快照来丢弃具有非物理重叠的配置,或者这样做会引入难以处理的细微统计异常地址?主要风险似乎在于系统地欠采样的轨道,这些轨道在邻居列表中表现不佳;也就是说,轨道的一部分(可能很小但很重要)将被省略,其中两个粒子在短时间内从中等距离接近彼此。真的是这样吗?如果是这样,是否还有其他可能更微妙的谬误被扫地出门?(例如,考虑到邻居列表很少更新的相反限制,
过阻尼 Langevin MD 模拟中的邻居列表
计算科学
分子动力学
2021-12-25 10:12:14
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