我想通过生成由主链或侧链的多个二面角定义的输入几何图形来探索氨基酸或肽的低能量状态。从这些起始构象中，我想进行几何优化以产生局部能量最小几何。
以下方法失败：

• 使用 Gaussian09 包中的ModRedundant关键字定义二面角的新值。这对于较大的分子和坐标的重大变化会崩溃。
• 通过 SMILE / SMARTS 模式检测分子的子结构（例如主链）并使用openbabel包中的 obrotate 来更改值。对于单个或两个二面角都可以正常工作，但在这些变化之后，不一定再检测到子结构的图案，并且不能改变进一步的二面角。
• 使用精心挑选的 Z 矩阵：最大的缺点是，我不知道如何从给定的几何形状中生成具有所需二面角的 Z 矩阵，因此我无法从预先优化的结构开始。

这个问题还有其他尝试吗？