MARTINI力场的实现

计算科学 分子动力学
2021-12-11 13:41:09

给定 MARTINI 力场的输入参数,例如:

;;;;;; HYDRATED CHLORIDE ION

[moleculetype]
; molname   nrexcl
  CL-       1

[atoms]
;id     type    resnr   residu  atom    cgnr    charge
 1  Qa  1   ION     CL-     1   -1.0 

我想知道哪些参数进入方程中的哪个项。

我追求的是 MARTINI 力场的源代码,或者只是方程。我相信这只是 12-6 LJ 和静电相互作用的结合,但我想确定一下。

谢谢

1个回答

该文件是 GROMACS 的输入,Martini http://md.chem.rug.nl/cgmartini/index.php/faq提示是开发参考实现的软件。Martini http://md.chem.rug.nl/cgmartini/index.php/tutorial页面也建议使用 GROMACS。

Qa 原子类型由力场文件在别处定义。您可以在 GROMACS http://www.gromacs.org/Documentation/Manual中阅读有关文件格式和其参数描述的方程