线性混合效应模型的报告结果

机器算法验证 混合模式 重复测量 报告
2022-03-17 11:19:30

线性混合效应模型在我的生物学领域并不常用,我需要报告我在尝试写的论文中使用的统计测试。我知道多层次建模的意识开始出现在生物科学的某些领域(依赖的解决方案:使用多层次分析来容纳嵌套数据),但我仍在努力学习如何报告我的结果!

我的实验设计,简而言之:
*受试者被分配到四个治疗组之一
*因变量的测量是在治疗开始后的不同天进行的
*设计不平衡(治疗组中的受试者数量不等,并且缺失某些受试者在某些日子的测量值)
*治疗 A 是参考类别
*我将数据集中在治疗的最后一天

我想知道治疗 A(参考类别)是否比其他治疗(治疗结束时)产生明显更好的结果。

我在 R 中使用 nlme 进行了分析:

mymodel <- lme(dv ~ Treatment*Day, random = ~1|Subject, data = mydf, na.action = na.omit, 
+ correlation = corAR1(form = ~1 |Subject), method = "REML")

输出(部分;为简洁起见截断)是:

>anova(mymodel)
              numDF denDF  F-value p-value
(Intercept)      1   222 36173.09  <.0001
Treat            3    35    16.61  <.0001
Day              7   222     3.43  0.0016
Treat:Day       21   222     3.62  <.0001

>summary(mymodel)
Fixed effects: dv ~ Treatment * Day 
                       Value Std.Error  DF  t-value p-value
(Intercept)         7.038028 0.1245901 222 56.48945  0.0000
TreatmentB          0.440560 0.1608452  35  2.73903  0.0096
TreatmentC          0.510214 0.1761970  35  2.89570  0.0065
TreatmentD          0.106202 0.1637436  35  0.64859  0.5208

因此,我知道 Day 的效果因治疗而异,并且在治疗的最后一天(数据居中),治疗 A 中的 dv 与治疗 B 或 C 显着不同。

我想说的是:“正如预测的那样,我们发现接受治疗 A(平均值 +/- SE)的受试者的因变量显着低于接受治疗 B(平均值 +/- SE,p=0.0096)或治疗的受试者C(平均值 +/- SE,p=0.0065),在治疗的最后一天测量。”

但是,我必须指出进行了哪些统计测试。这是描述分析的可接受方式吗?“[测量方法]在指定的日期进行,并确定了因变量(​​单位);我们使用以[治疗的最后一天]为中心的线性混合效应模型分析了对数转换数据。符号代表平均 dv;误差线是标准误差。在治疗的最后一天,治疗 A(平均值 +/- SE)的 dv 显着低于治疗 B(平均值 +/- SE,p=0.0096)..."

具体来说,
*这是否足以说明所使用的统计测试?(读者习惯于看到更像“平均值 +/- SE,p=0.0096,学生 t 检验”的东西,但写“p=0.0096,治疗 B 与治疗 A 的线性混合效应的系数”似乎很奇怪[治疗的最后一天]的模特。”)
*有更好的方法吗?

(方法部分将包括有关统计数据的更多信息:“[测量方法] 数据使用 R 和 R 包进行分析......我们使用线性混合效应模型分析了对数转换的因变量数据,使用受试者作为随机效应和1 阶自相关结构 (AR1)。作为固定效应,我们包括处理和天,以及处理和天的交互作用。我们通过对拟合值的残差图的目视检查来检查正态性和同质性。评估在混合效应分析中,我们进行了似然比检验,将具有固定效应的模型与仅具有随机效应的空模型进行比较。”)

任何关于如何为经常厌恶统计数据的受众(并由相关统计新手编写)报告线性混合效应模型结果的建议将不胜感激!

1个回答

这可能无助于回答您的问题,但我注意到您在实验中有重复测量(天),但您并未指出这是模型中的重复测量。我会认为你的模型中的随机项是这样的:

mymodel <- lme(dv ~ Treatment*Day, random = ~1|Subject/Day, 
               data = mydf, na.action = na.omit,
               correlation = corAR1(form = ~1 |Subject/Day), method = "REML")

至于报告结果,您是否打算在您开始看到治疗之间存在显着差异的那一天报告?如果是这样,那么我认为您还需要查看/报告交互术语的对比。我自己是一个统计新手,基本上和你有同样的问题:-)

Andy Field 的“使用 R 发现统计数据”解释了如何报告第 14 章中线性混合效应模型的结果。我手头没有这本书,但是一旦我再次拿到它,就可以编辑这篇文章。