机器算法验证 - 为什么（几乎）我所有的校正（Benjamini-Hochberg）p 值都相等？ - 吾爱随笔录

我有以下 p 值：

original_pval <- c(0.8125681, 0.3411442, 0.317672, 0.3464842, 0.2220076, 0.2576271, 
0.1929609, 0.275641, 0.3180882, 0.1962801, 0.219256, 0.1734164)

当我p.adjust在 R 中运行时，除了一个之外，我得到所有数字的相等 p 值：

p.adjust(p = original_pval, "BH")

结果如下：

结果：

0.8125681 0.3779828 0.3779828 0.3779828 0.3779828 0.3779828 0.3779828 0.3779828 0.3779828 0.3779828 0.3779828 0.3779828

如您所见，所有 p 值都相等，除了第一个。为什么会发生这种情况，这是否正常？

如果我尝试手动操作，我会得到不同的结果！（而且我相信我在手动操作时做错了）

original_pval <- sort(original_pval)
corrected <- 0.5 * (1:length(original_pval))/length(original_pval)

0.04166667 0.08333333 0.12500000 0.16666667 0.20833333 0.25000000 0.29166667 0.33333333 0.37500000 0.41666667 0.4580000333 0.50

或者我在手动计算 BH 时可能混淆了一些东西。这是我得到公式的地方。

但我的主要问题是使用 Benjamini-Hochberg 后看到许多相等的 p 值是否正常？

original_pval <- c(0.8125681, 0.3411442, 0.317672, 0.3464842, 0.2220076, 0.2576271, 0.1929609, 0.275641, 0.3180882, 0.1962801, 0.219256, 0.1734164) manual_BH = function (pvals ) { data.frame(pval = pvals) %>% mutate(BH=p.adjust(pval, "BH")) %>% arrange(pval) %>% mutate(j = rank(pval), m = n()) %>% mutate(BHmanual_base = j/m) %>% mutate(BHmanual03 = 0.3 * j / m, BHsignif03 = pval <= BHmanual03) %>% mutate(BHmanual04 = 0.4 * j / m, BHsignifc04 = pval <= BHmanual04) %>% mutate(BHmanual08 = 0.8 * j / m, BHsignifc08 = pval <= BHmanual08) } manual_BH(original_pval)