在计算集群上安装 GPAW(Python DFT 包)

计算科学 Python 并行计算 计算化学 密度泛函理论
2021-12-08 08:51:01

我正在集群上安装 GPAW,但在构建“gpaw-python”解释器时遇到了问题,它的工作是允许用户执行并行化的 GPAW 计算。按照此处的开发人员安装指南,我已经下载了最新的稳定包并让它在我的本地桌面上完全运行,包括 gpaw-python 解释器,目前已解压缩 gpaw.tar 文件并准备好在集群上运行,我正在通过 ssh 访问它。

出现问题的特定部分是构建 C 扩展,如开发人员指南的开头所示。我已确保已根据需要安装了 mpicc,并且它可以链接到命令行,尽管这是通过集群上可供所有用户使用的软件模块(此版本是 gcc/4.6.3/openmpi/64/ 1.6.1)。请注意开发人员安装指南中需要 mpicc 才能构建 gpaw-python 解释器的警告。

当我跑

python setup.py build_ext 2>&1 | 三通 build_ext.log

一切看起来都不错,并且内置了“gpaw-python”可执行文件的预期位置

   $GPAW_HOME/build/lib.<platform>-<python_version>/

但什么都没有,所以我猜想安装不知何故缺少 mpicc。当我尝试在本地安装 GPAW 时,这样做没有问题,所以也许我在集群上工作时遗漏了一些微妙之处?

1个回答

问题可以通过在 config.py 文件的第 395 行附近的 build_interpreter 函数中添加来解决:

define_macros.append(('_GNU_SOURCE', '1'))

其他 define_macros.append 命令所在的位置。