在我看来，有两件你想要建模/模拟的东西存在于不同的长度尺度上。确实可以通过分子动力学 (MD) 模拟离散地模拟任何药物试剂或信号分子的分子扩散。在那里，您可以模拟单个分子的位置、速度和相互作用，并可以观察它们如何扩散或反应等。示例

如果您想模拟生物细胞的行为，您也可以在此处输入链接描述。问题可能是细胞比单个分子大几个数量级，您将很难同时模拟它们（“多尺度问题”）。

（如果您的细胞在组织中不移动并粘在一起，并且您想模拟通过它们的界面的扩散，那么您仍然可以连续模拟问题，但您会相应地改变细胞界面的渗透性。）