有开源的 MD 代码和教科书，描述了一般如何做到这一点。我不想推荐任何特定的，但你可以搜索“分子模拟”或类似的东西。它可能会为您节省一些程序设计时间。

在您的图表中，您重复计算单元格 5 和 23。规则是，您需要查看具有相对位置的相邻单元格$(\Delta n_x,\Delta n_y,\Delta n_z)$其中相对单元格索引采用值的所有可能组合$+1$,$0$,$-1$; 除了如果你看$(\Delta n_x,\Delta n_y,\Delta n_z)$，你不需要看$(-\Delta n_x,-\Delta n_y,-\Delta n_z)$，以免重复计算。这给出了需要考虑的 13 个相邻单元，并且您可以在计算机代码中绘制一个永久表，其中包含必要的相对索引三元组。而且，正如您所意识到的，您需要查看图中的 14 个中央单元格，其中$(\Delta n_x,\Delta n_y,\Delta n_z)=(0,0,0)$：当您开始查看原子对的坐标时，需要稍微不同的处理以避免重复计算。

这导致了我的主要建议：给单元格一个 3D 整数索引$(n_x,n_y,n_z)$，并使用这些索引将单元格内容（例如位置或指向位置列表的指针）存储在数组（或类似的）中。然后，识别相邻单元格是一个简单的添加问题$(\Delta n_x,\Delta n_y,\Delta n_z)$到$(n_x,n_y,n_z)$依次检查每个相邻小区；moduloormod函数将处理与周期性边界条件相关的索引的环绕。换句话说，计算modulo(nx+delta_nx,nc)（或任何你喜欢的语言的语法）nx从零到每个坐标方向nc-1都有单元格；nc同样对于ny和nz。

在将周期性边界条件应用于对之间的向量时，可以if通过使用算术语句来避免语句，例如xij = xij - rint(xij/box)*boxwhere xijis an uncorrected Difference in$x$- 原子之间的坐标i和是盒子的长度并且是一个函数，它给出最接近的整数到它的参数（同样，这对于不同的编程语言可能不同）。jboxrint

如果这是 VMD 识别的文件，您可以使用 tcl 脚本创建单元邻居列表，该脚本仅定义您正在使用的盒子的总体积和单元边长。然后在 3 个嵌套循环中（对于 x、y、z 轴），沿着盒子的整个体积移动（分层工作）并选择循环定义的单元坐标内的所有原子并将它们写入外部列表。