R中的区间审查Cox比例风险模型

机器算法验证 r 生存 cox模型 间隔审查
2022-03-12 01:37:07

给定区间删失生存时间,我如何执行区间删失 Cox PH 模型Rrseek 搜索出现了 package intcox,它不再存在于R存储库中。我几乎肯定包中的coxph函数survival无法处理间隔删失的生存数据。

另外,我不想估算数据然后使用该coxph函数。此方法低估了系数的标准误差,因为您忽略了区间删失的不确定性。

2个回答

如上所述,您可以使用 survreg 功能。但请注意:这不是严格意义上的 Cox PH 模型,而是位置尺度模型。使用默认的对数转换,这是 aft 模型。在指数分布的情况下,比例风险和 aft 模型是等价的,因此如果将分布设置为指数,这是一个具有指数基线的比例风险模型。同样,如果使用基线 Weibull 分布尾部模型,则参数估计值只是具有 Weibull 基线分布的比例风险模型中使用的参数估计值的线性变换。但总的来说,survreg 不适合 Cox PH 模型。

如果需要半参数模型,如在 intcox 中实现的那样,请注意:当前版本的 intcox 存在几个问题(算法通常在远离 MLE 的地方过早终止,由于未经审查的观察而彻底失败,没有标准错误自动呈现)。

您可以使用的新替代方案是包“icenReg”。

承认偏见:这是 icenReg 的作者。

要在 R 中进行区间删失分析,您必须创建一个 Surv 对象,然后使用 survfit()。如果您有多个变量,则 intcox 包可以解决问题。