如何在 R 中使用时间相关协变量和 cox 回归

机器算法验证 数据转换 cox模型 时变协变量
2022-03-31 16:36:08

我不知道如何在 R 中生成时间相关协变量以使用 cox 回归。

我知道您需要将数据集重新组织为事件时间之间的间隔。我相信我可以通过浮动的教程来做到这一点。在那之后,虽然我被困住了。怎么办?对于每个协变量,我现在需要在每个特定时间间隔计算它的值吗?我该怎么做?我是否需要返回数据库并获取记录脉搏率的日期,然后根据日期相应地更新脉搏值?

我只是想确认,在进行时间相关协变量时,您经常需要返回并从数据库中提取更多日期/时间信息并更新所有协变量信息。基本上,将您的数据集转换为“长”格式的教程并不是我唯一需要做的事情,对吧?

1个回答

没有看到您的数据很难,所以我会尝试使其通用。首先,在survival包中使用数据框的两种主要方式:

裸骨

  • ID - 用于识别每个分析单位(例如,患者、国家、组织)的唯一变量
  • 事件 - 表示测试事件发生的二进制变量(例如,死亡、革命、破产)
  • 时间- 直到事件或直到信息结束的时间(右删失)。Cox 模型最适合用于连续时间,但是当研究经过数年(特别是关于国家)时,每月的咒语可以做到。
  • 经常)一些协变量

event让我们使用一个虚构的模型,试图找出十年内陷入内战 (the ) 的国家(按月计算)的危险。使用不依赖于时间的单个协变量 ( previousCivilWar)

# the first country was censored before an event and the second 
# experienced the event after 8 years
id time event prevCivilWar 
 1  120     0   0 
 2   96     1   1 

添加时间相关协变量:方法 1

  • 协变量- 在这种情况下,您需要知道原始值,以及它是否改变以及改变了什么 - 如果是,何时(在什么咒语)。
  • 将时间变量更改为开始和结束- 当需要指示(任何)协变量的更改时间时

在这里,我们将添加二进制变量来表示 >40% 的贫困is40pov

id time1 time2 event prevCivilWar is40pov
 1    0    80   0               0       0
 1   80   120   0               0       1
 2    0    24   0               1       0
 2   24    60   0               1       1
 2   60    96   1               1       1

使用时间相关协变量时,我们需要指定确切的时间范围,直到任何协变量发生任何变化。请注意,时间需要重叠。如果某个主题在任何协变量中没有变化,那么一行就足够了。

方法 2 - 最适合不断变化的协变量 这将包括k每个唯一 ID 的行数,因为有拼写(k如果被审查,则为行,如果事件之前发生,则更少)。因此,如果您有一个包含特定时间框架信息的数据库,请确定对您有意义的拼写长度(这在理论上是有意义的):如果协变量每小时更改 - 每小时更改一次,等等。 . 一旦你决定了拼写长度(例如,月份)和总时间(例如,十年),每个 ID 将具有 <=120咒语。

如果需要,为时间相关协变量创建带有空( 、 或其他)数据的纵向数据集NA0并为每个法术的日期/时间创建两个额外的实用程序列。然后您可以访问数据库并在这些日期/时间获取协变量的特定值并填写它。如果某些行的协变量没有变化,则可以。你最终会得到类似的东西:

# The variable pov is the poverty percent of population and measured monthly
id time1 time2 event prevCivilWar pov
 1    0     1   0               0   0.34
 1    1     2   0               0   0.34
 ...
 1   79    80   0               0   0.43
 ...
 1  119   120   1               0   0.41
 2    0     1   0               1   0.25
 ...
 2   23    24   0               1   0.42
 ...
 2   95    96   1               1   0.58 

有关时间相关协变量和系数的更多信息,请参阅 Therneau、Crowson 和 Atkinson 的 2016 Vignette